Fate/Zero происходит 10 лет до событий Fate/Stay Night, в котором отображены события 4-й войны Святого Грааля в Фуюки Сити. Война Святого Грааля событие, в котором семь магов вызывают семь Героические Духов для соревнований, чтобы получить власть "Святой Граали", которая может сотворить чудо. После трех войн за легендарный Святой Грааль, Четвертая Война начинается.

Основанная Айнцберн, Мато и Тосака семь веков назад, семья Айнцберн полна решимости добиться успеха после трех последовательных неудач, несмотря не на что. В результате, они решили взять с собой убийцу мага, Эмия Кирицугу, в свои ряды, несмотря на его методы и репутацию опытного наемника и киллера, который использует все, что он может, для достижения своих целей. Хотя Кирицугу когда-то хотел стать героем, который может спасти всех, он давно уже отказалсь от этого идеала, осознав, что сохранение одного человека происходит за счет жизни другого человека. Ради человечества, он будет безжалостно уничтожать вся и всех, кто угрожает миру людей.

Тем не менее, Кирицугу разрывается между любовью своей новой семьи - его жены Ариясвиль и её дочери Иллии, и тем что он должен сделать, чтобы получить Святой Грааль. Между тем, наисильнейший противник Кирицугу появляется в форме Киреи Котомина - священника, который не может найти чувство удовлетворения в своей жизни и рассматривает Кирицугу как возможный ответ на пустоту, которую он испытывает.