За два года до событий, в котором происходит действие, управляла корпорация Син-Ра, могущество которой было основано на переработке жизненной энергии природы («энергии Мако») в электричество. Учёные Син-ра случайно обнаружили тело инопланетного пришельца— Дженовы («матери») и с помощью её клеток создали армию генномодифицированных бойцов — СОЛДАТ, к которым причислял себя и главный герой, Клауд Страйф. Сильнейшим из СОЛДАТ был непобедимый боец Сефирос. В ходе событий игры Сефирос обрёл способности Дженовы, вселившись в её тело (принявшее облик Сефироса же). Сефирос (или, что то же самое, Дженова в этой своей новой ипостаси) убил множество людей, в том числе и главную героиню — Аэрис Гейнсборо. Вызвав из космоса гигантский астероид (Метеор), Сефирос попытался уничтожить всю жизнь на планете, чтобы поглотить освободившуюся жизненную энергию и стать «Богом». Тем не менее, героям удалось уничтожить Сефироса и тело Дженовы, после чего Поток Жизни уничтожил Метеор.

По Планете распространяется странная болезнь Геостигма, ей заболевает и Клауд Страйф. Он сталкивается с тремя загадочными «призраками» Сефироса — Кададзи, Язу и Лозом. Последние пытаются вернуть к жизни «Мать» - Дженову. Основная их цель — поиск отрубленной Сефиросом головы «Матери», пережившей уничтожение её тела, но также они похищают больных Геостигмой детей, надеясь использовать их для Воссоединения — воскрешения «Матери». Клауд и его друзья вынуждены несколько раз сражаться с ними, сначала защищая себя, затем пытаясь спасти детей. В итоге голова «Матери» - Дженовы в контейнере всё же попадает в руки к Кададзи, и Воссоединение на основе тела Кададзи и клеток Дженовы из контейнера действительно происходит — однако вместо «Матери» на свет является воскресший Сефирос (поскольку Дженова и Сефирос — сущности уже неразделимые). В битве с Сефиросом Клауд побеждает, после чего Сефирос снова уходит в небытие, превращаясь в умирающего Кададзи. Продолжающая существовать в Потоке Жизни Аэрис Гейнсборо от лица Планеты снова вмешивается в ход событий, обрушивая на мир исцеляющий дождь, полностью излечивающий Геостигму. Клауд, исчезнувший в устроенном Язу и Лозом и погубившем их взрыве, возвращается к жизни в церкви Аэрис.