Действие всей серии «Наруто» разворачивается в вымышленном мире, социально-политической структурой напоминающем феодальную Японию. Небольшие по размеру государства в нём действуют и развиваются как самостоятельные единицы, управляемые феодалами-даймё. Государства имеют в своём распоряжении Скрытые Деревни, поселения ниндзя, во главе которых стоит независимый правитель — Кагэ. Ниндзя используются в качестве военной силы, а также участвуют в экономической жизни государства, выполняя оплачиваемые миссии — от прополки огородов до вылазок на вражескую территорию. Уровень развития технологий в мире «Наруто» весьма противоречив: с одной стороны, в распоряжении героев имеются современные камеры наблюдения и передатчики, с другой — прогресс практически не затрагивает военную сферу, где полностью отсутствует огнестрельное оружие и боевые машины, намеренно исключённые автором из повествования. В отсутствие достижений военной промышленности персонажи полагаются на сюрикены, кунаи, мечи и собственные специальные способности, которые включают использование чакры — магической энергии, равнозначной энергии ци, и жестов для её контроля — печатей. Использование чакры подчиняется строгим правилам, которые Кисимото ввёл для того, чтобы иметь возможность легко объяснять повороты сюжета. Автор высказывал опасения, что чакра и складывание печатей, основанных на заимствованных из Китая знаках зодиака, делают мангу «слишком японской», однако сам он доволен ею.