Балто и его сын Коди узнают о том, что самолёт может свести на нет актуальность собачьих саней. Неунывающие герои решают устроить гонку-соревнование между упряжкой бывалых псов и опытным летчиком по имени Дюк. При этом Балто очарован самолётом и мечтает сам на нём летать.
Параллельно друг балто, гусь Борис, влюбляется в гусыню Стеллу, но стесняется ей признаться, что не летает от страха перед высотой. Его случайно забирает с собой Дюк, когда ему надоело бегать. Но на обратном пути пилот заблудился в тумане и разбился в лесу.

Ликующие псы добираются до финиша первыми: они смогли доказать свое превосходство над железной летающей птицей. Но Балто сразу понял, что с Дюком и его самолетом что-то случилось. Он решает отправиться его спасать. Коди и его соработники-псы отказались идти, поскольку им дороже работа. Балто рассержен на сына за эгоизм, но не уговаривает его идти. С ним оправляются Стелла и Мак с Лаком, которые испугались самолёта в момент крушения. Дженна, узнав о решении Балто, начинает уговаривать сына передумать.

Балто находит Дюка и начинает увозить его на санях из куска металла, так как он сломал колено. Собаки примчались в последний момент и привязались к саням, после чего доехали до Нома и Дюк сделал Балто своим компаньоном. А Борис наконец признался Стелле в своём страхе перед высотой.