В далеком будущем, люди оставляют опустошенную Землю и отправляются в космическое пространство. Однако из-за неизвестного явления, которое мешает им путешествовать в космосе, человечество возвращается на Землю, только находят её негостеприимной, за исключением Японии. Для размещения всей человеческой популяции, создаются карманные дома для заселения народа вокруг Японии . Для того чтобы найти способ вернуться в космос, люди начали воспроизводить человеческую историю по Заветам из Библии. Но в 1413 году Завета Новой Эры, народы заселявшие карманные дома вторгаются и завоёвывают Японию, разделив территорию на феодальные вотчины и вынуждая коренных жителей Японии, уйти. Сейчас 1648 год Завета Новой Эры, беженцы из Японии в настоящее время живут в городе - корабль "Мусаси", который постоянно путешествует по воздушному пространству Японии в то время как за ним следит Союз Завета, власть, которого управляет реконструкцией истории. Тем не менее, слухи о Апокалипсисе и войне начинают распространяться, когда Завет останавливается выясняя, что будет дальше после 1648 года. Воспользовавшись этой ситуацией, Тори Aoи, глава академии Верховной Федерации Мусаси Эриадаст и президент студенческого совета, берут верх над своими учениками, чтобы использовать эту возможность, восстановить свою родину.